GROMACS
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GROMACSチュートリアル①
このチュートリアルでは、水とイオンが入ったボックス内のタンパク質（lysozyme）を扱う。 チュートリアルではGROMACS 2018.xシリーズを使用するため、手元のバージョンを確認しておく。
目次
このチュートリアルの目標は、MDシミュレーションの流れを理解しながらGROMACSの基本的な使い方を習得することである。 そのため、シミュレーションに必要な設定ファイルの内容には触れていない。 ファイルの詳細については【補足】にまとめているので、より理解を深めるために参照してほしい。
- シミュレーションの準備
- タンパク質の構造を準備
- シミュレーションボックスの作成と溶媒の追加
- イオンの追加
- MDシミュレーションの実行
- エネルギー最小化
- NVT平衡化
- NPT平衡化
- 本計算
- シミュレーション結果の解析
- トラジェクトリの修正
- RMSD
- 回転半径
- 【補足】トポロジーファイルの詳細
- topol.top
- 【補足】mdpファイルの詳細
- minim.mdp
- nvt.mdp
- npt.mdp
- md.mdp
なお、本チュートリアルの内容は「GROMACS Tutorial1: Lysozyme in Water」を参考にしている。 初学者向けに全体の流れを重視しているため、詳細は英語版のページを参照してほしい。