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GROMACSチュートリアル①

このチュートリアルでは、水とイオンが入ったボックス内のタンパク質(lysozyme)を扱う。 チュートリアルではGROMACS 2018.xシリーズを使用するため、手元のバージョンを確認しておく。

目次

このチュートリアルの目標は、MDシミュレーションの流れを理解しながらGROMACSの基本的な使い方を習得することである。 そのため、シミュレーションに必要な設定ファイルの内容には触れていない。 ファイルの詳細については【補足】にまとめているので、より理解を深めるために参照してほしい。

  1. シミュレーションの準備
    • タンパク質の構造を準備
    • シミュレーションボックスの作成と溶媒の追加
    • イオンの追加
  2. MDシミュレーションの実行
    • エネルギー最小化
    • NVT平衡化
    • NPT平衡化
    • 本計算
  3. シミュレーション結果の解析
    • トラジェクトリの修正
    • RMSD
    • 回転半径
  4. 【補足】トポロジーファイルの詳細
    • topol.top
  5. 【補足】mdpファイルの詳細
    • minim.mdp
    • nvt.mdp
    • npt.mdp
    • md.mdp

なお、本チュートリアルの内容は「GROMACS Tutorial1: Lysozyme in Water」を参考にしている。 初学者向けに全体の流れを重視しているため、詳細は英語版のページを参照してほしい。