目次

このチュートリアルの目標は、MDシミュレーションに必要となる構造ファイルを一から作成し、mdpファイルの設定してシミュレーションをコントロールすることである。 目的の系を作成する方法、シミュレーションを制御する方法を学び、自由にシミュレーションができるようになろう。

このチュートリアルではシミュレーション後の解析は行っていないが、本来であれば目的の物性を調べるために計算を行ったり、プログラムを作成したりする。 最後まで到達したら、この系に対してどのような物理量を計算することができるか考えてみよう。 練習として実際にプログラムを作成してもよいだろう。